《银色头发的阿基德》的主人公是一个叫做阿基德的男孩。阿基德生活的地球早已是一片荒凉，一次遗传基因操作失败导致“森林”开始袭击人类，人类文明几乎全盘覆灭。300年过去，但是仍有少数幸存的人类顽强的生活在地球上。一个偶然的机会，阿基德在一间低温密室发现了神秘女孩图拉。就这样，在已变得荒凉的地球上，图拉和未来少年阿基德宿命般的相遇了。漂亮的图拉来自古代，她的身世之谜事关人类文明的再次复活。　　来到了“中立都市”的朵拉受到了现实世界的强烈冲击——人们住在倒塌的建筑中，即没有电也没有自来水，就连取泉水也困难重重……这样的生活，让这个来自文明社会的朵拉困惑了——难道世界变化了300年，科技文明反倒倒退的荡然无存。“中立都市”的人们对待这位来自300年前的朵拉非常友善，可是森林却像怪兽一样对她展开莫名的攻击，在无法忍受的情况下，朵拉的感情终于爆发了。　　就在此时，与森林敌对的都市“莱克纳”出现了一个同样是来自过去的男人休纳克。他告诉朵拉，她就是让文明社会复原的关键，并要带她离开。虽然朵拉可以让人类摆脱现在的困境，但这个使命充满着危险。为了救助朵拉，阿基德和“森林”定下契约，在自己的手中埋下禁忌的力量，而自己的头发也终于变成了银色。阿基德和图拉彼此深爱着对方，但是“使命”和“禁忌的力量”如影随形，两个人必须依靠对方，但是内心的恐惧又经常让他们丧失对对方的信任。他们有时相互信任，有时互相对立，内心的世界常被摧毁。伴随着两个人的“使命”和“禁断之力”，充满谜团的故事会怎样发展呢